Cypern regnes for det første kristent styrede område i verden, efter at apostlen Paulus i år 45 havde omvendt øens romerske statholder Sergius Paulus; men først i 300-t. sejrede kristendommen ligesom i det øvrige Romerrige på Cypern. Ved Romerrigets deling 395 kom Cypern til Det Byzantinske Rige.
Efter de muslimske sejre i Mellemøsten 636-42 kom øen til at ligge på den kristne verdens frontlinje mod islam. Det første arabiske angreb på Cypern fandt sted 647-49. Et minde herom er moskéen Hala Sultan Tekke ved Larnaka, hvor profeten Muhammeds plejemor efter sigende døde. Både arabere og byzantinere foretog gentagne felttog mod Cypern, men det kom aldrig til en egentlig islamisering af Cypern. 688-965 enedes de byzantinske kejsere og de arabiske kaliffer om at betragte Cypern som et slags fællesområde, der skulle betale skat til dem begge. Først i 965 kom øen fast under byzantinsk herredømme og blev herefter hurtigt integreret i riget. En kraftig økonomisk blomstring fulgte, hvorunder øen især eksporterede vin, salt og tekstiler. Øens gamle hovederhverv, kobberfremstillingen, var derimod for længst ophørt. I 1000-t. anlagdes midt på øen Lefkosia (Nicosia), som blev dens nye hovedstad. Ved flere lejligheder gjorde statholderen oprør mod kejseren, men først i 1184 lykkedes det tyrannen Isak Komnenos at løsrive øen og lade sig krone som uafhængig kejser af Cypern. Det var første gang siden persernes erobring af Cypern mere end 1500 år tidligere, at øen blev et selvstændigt rige, om end kun kort tid.
Cypern havde en central position i 1100 t. som støttepunkt for korsfarere på vej til Jerusalem. I 1191 erobrede den engelske konge, Richard 1. Løvehjerte, øen. Han solgte den til tempelherrerne og senere til den franske adelsmand Guy af Lusignan, der tidligere havde været konge af Jerusalem. Guy blev 1194 efterfulgt af sin bror, Amaury 1., som blev den egentlige grundlægger af det frankiske kongerige Cypern. Amaury skabte et fast styre, som godt nok var baseret på en feudal struktur, men gav kongen en stærk stilling og lod ham beholde den direkte kontrol med fæstningerne.